국립중앙의료원은 공공의료의 효율성과 만족도를 높이고 수준 높은 공공보건의료기관으로 육성하여 공공의료를 선도하게 함으로써 국민건강증진과 국가보건의료의 발전에 이바지함을 목적으로 한다.
